São definidas entre a ANA e as entidades estaduais para ciclos de cinco anos e avaliadas anualmente. No processo, é considerada a complexidade de gestão (tipologias A, B, C e D) escolhida pela unidade da federação. Minas Gerais está na tipologia D, em função da criticidade quali-quantitativa e dos conflitos de usos da água em diversas bacias, dentre outros desafios da gestão. 

As metas do Progestão são divididas em:

• Metas de cooperação federativa - comuns a todos os Estados e definidas pela ANA com base em normativos legais ou de compartilhamento de informações.
• Metas de gerenciamento de recursos hídricos em âmbito estadual - selecionadas pelos órgãos gestores e aprovadas pelos respectivos Conselhos Estaduais de Recursos Hídricos – CERHs, a partir da tipologia de gestão escolhida pelo estado.
• Metas de investimentos - foi introduzida no 2º Ciclo para investimento em 7 variáveis críticas de gestão - 1. Organização Institucional do Sistema de Gestão; 2. Comunicação Social e Difusão de Informações; 3. Planejamento Estratégico; 4. Plano Estadual de Recursos Hídricos; 5. Sistema de Informações; 6. Outorga de Direito de Uso dos Recursos Hídricos e; 7. Fiscalização. Se o estado realizar investimentos com recursos próprios do orçamento nestas variáveis, parte desse valor retorna na certificação das metas de cooperação federativa e de gestão das águas no âmbito estadual. No ciclo 2 Minas Gerais selecionou as variáveis "sistema de informações" e "fiscalização".